Wisata Raja Ampat memang boleh dibilang sangatlah unik, karena memiliki nilai sejarah atau legenda tersendiri. Legenda dari Raja Ampat sediri muncul dari masyarakat sekitar dan memiliki beberapa versi cerita yang diwariskan dari generasi ke generasi ( turun – temurun ) mengenai cerita legenda asal – usul nama Raja Ampat sendiri. Adapun salah satu versi cerita legenda dari Raja Ampat yang beredar di kehidupan masyarakat asli sekitar adalah sebagai berikut.
Dijaman dahulu ada sepasang suami istri hidup dengan sederhana di Teluk Kabui Kampung Wawiyai, pasangan suami tersebut mempunyai pekerjaan sebagai perambah hutan, yang kegiatan sehari – harinya pergi untuk mencari bahan makanan. Mereka bahu membahu menyusuri hutan agar cepat mendapatkan apa yang mereka harapkan. Kemudian dalam perjalanannya mereka sampai di tepi Sungai Waikeo, dan beristirahat melepas lelah. Selama mereka beristirahat mereka melihat lima butir telur yang letaknya tidak jauh dari mereka beristirahat. Setelah itu mereka dekati dan ternyata telur – telur tadi merupakan telur dari Naga. Karena merasah menemukan telur – telur yang aneh, mereka membungkus dalam sebuah noken ( noken = kantong ) dan dibawah pulang ke rumahnya. Setelah sampai rumah telur – telur yang mereka temukan tadi disimpan di dalam kamar.
Waktu mulai berganti dan malampun mulai datang, telur – telur yang tadi mereka simpan didalam kamar mengeluarkan suara bisikan, merekapun penasaran dan mencoba mengintip dari balik pintu kamar. Setelah mereka melihat kejadiannya, betapa kagetnya kedua pasangan suami istri tadi, karena melihat kelima telur yang disimpan menetas dan berwujud empat anak laki – laki dan yang satu perempuan. Kelima anak tadi memakai pakaian halus yang menandakan bahwa mereka adalah keturunan dari seorang Raja.
Hingga saat ini siapa yang memeberi nama kepada anak – anak yang dilahirkan dari telur naga tersebut belum jelas, akan tetapi masyarakat sekitar mengetahui masing – masing anak tadi bernama sebagai berikut :
Nama Raja Legenda Raja Ampat
- Betani yang kemudian menjadi raja Salawati.
- Dohar menjadi Raja Lilinta ( Misool ).
- Mohamad menjadi Raja Waigama ( Batanta ).
- War Menjadi Raja di Waigeo.
- Pintolee anak perempuan yang dilahirkan dari telur naga diatas.
Setelah tumbuh dewasa, ke empat anak laki – laki itu menjadi raja dan memerintah dengan bijaksana. Sementara, anak perempuan ( Pintolee ) suatu hari ditemukan sedang hamil dan mengeluarkan dua buah telur. Setelah diketahui oleh kakak – kakak Pintolee, satu telur yang dia lahirkan diletakan dalam kulit kerang, dengan ukuran besar ( Kulit Bia ) dan kemudian dihanyutkan hingga terdampar disebuah pulau yang diberi nama Pulau Numfor. dan yang satunya, tidak menetas dan berubah menjadi batu yang kemudian diberi nama Kapatnai. Batu itu diperlakukan seperti raja oleh penduduk sekitar, dan diberi ruangan tempat untuk bersemanyam serta diletakan pula dua buah batu sebagai pertanda pengawalan terhadap persemayaman tersebut. Sampai saat ini masyarakat sekitar masih menghormati keberadaan persemayaman tersebut dan menjadi objek pemujaan.